Peradilan Militer meliputi:
1. Pengadilan Militer
2. Pengadilan Militer Tinggi
3. Pengadilan Militer Utama
Peralihan ke Mahkamah Agung
Perubahan (Amandemen) UUD 1945 membawa perubahan mendasar mengenai penyelengaraan kekuasaan kehakiman, dan diatur lebih lanjut dengan Undang-Undang Nomor 4 Tahun 2004 tentang Kekuasaan Kehakiman. Konsekuensi dari perubahan ini adalah pengalihan organisasi, administrasi, dan finansial badan peradilan di bawah Mahkamah Agung.
Sebelumnya, pembinaan Peradilan Militer berada di bawah Markas Besar Tentara Nasional Indonesia. Terhitung sejak 1 September 2004, organasi, administrasi, dan finansial Peradilan Militer dialihkan dari TNI ke Mahkamah Agung. Akibat perlaihan ini, seluruh prajurit TNI dan PNS yang bertugas pada pengadilan dalam lingkup peradilan militer akan beralih menjadi personel organik Mahkamah Agung, meski pembinaan keprajuritan bagi personel militer tetap dilaksanakan oleh Mabes TNI.