Peradilan Tata Usaha Negara meliputi:
1. Pengadilan Tata Usaha Negara
2. Pengadilan Tinggi Tata Usaha Negara
Peralihan ke Mahkamah Agung
Perubahan UUD 1945 membawa perubahan mendasar mengenai penyelengaraan kekuasaan kehakiman, dan diatur lebih lanjut dengan Undang-Undang Nomor 4 Tahun 2004 tentang Kekuasaan Kehakiman. Konsekuensi dari perubahan ini adalah pengalihan organisasi, administrasi, dan finansial badan peradilan di bawah Mahkamah Agung.
Sebelumnya, pembinaan Peradilan Tata Usaha Negara berada di bawah eksekutif, yakni Direktorat Jenderal Badan Peradilan Umum dan Peradilan Tata Usaha Negara Departemen Kehakiman dan HAM. Terhitung sejak 31 Maret 2004, organasi, administrasi, dan finansial PTUN dialihkan dari Departemen Kehakiman dan HAM ke Mahkamah Agung.
Peralihan tersebut termasuk peralihan status pembinaan kepegawaian, aset, keuangan, arsip/dokumen, dan anggaran menjadi berada di bawah Mahkamah Agung.